顺治十六年（1659年），朱国治任江苏巡抚，其在任期间搜刮无度，制造了江南奏销案等。顺治十八年（1661年），他令心腹任维初继任吴县知县。任维初为追收欠税，鞭打百姓，还盗卖官米中饱私囊，亏空常平仓的漕粮，百姓苦不堪言，激起了苏州地区士子的愤怒。

同年，顺治帝驾崩，朱国治在苏州文庙兴建了吊唁场所。三月初，金圣叹与一百多个士人聚集苏州文庙，借祭奠顺治帝的时机，到衙门给江苏巡抚朱国治上呈状纸，控诉任维初，要求罢免其职。金圣叹还写了《哭庙文》，文中揭露任维初“胆大包天，欺世灭祖，公然破千百年来之规矩，置圣朝仁政于不顾，潜赴常平乏，伙同部曹吴之行，鼠窝狗盗，偷卖公粮。罪行发指，民情沸腾”。 朱国治一方面当场逮捕了倪用宾等五名秀才，之后又逮捕六人；另一方面罗织“诸生倡乱抗税，并惊动先帝之灵”“摇动人心倡乱，殊于国法”等罪名上报京城。当时清朝全国形势尚未稳固，康熙年幼，主少国疑，而南明政权尚存，郑氏集团隔海相望，清廷当局认为江南地区人心不附，为威慑江南士族，决定从严处理。

四月二十七日，金圣叹等七名士人再被逮捕，送到江宁会审，严刑拷问。最终，倪用宾、沈琅、顾伟业、张韩、束献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪、薛尔张、姚刚、丁子伟、金圣叹、王仲儒、唐尧治、冯郅等十八人被判死罪。 六月十六日，金圣叹等18人被判处斩首，七月十三日立秋，在南京三山街执刑。

“哭庙案”本是吴县诸生对县令贪腐行为的请愿活动，但在当时的特殊背景下，被清廷以“摇动人心倡乱，殊于国法”等罪名重惩，金圣叹也因此被牵连其中，惨遭斩首。 金圣叹才华横溢，他对《水浒传》《西厢记》等作品的点评见解独到，在文学批评领域有着重要的地位。他的遭遇反映了当时封建统治的专制与残酷，也让人惋惜一位文学大家的陨落。