成都战役结束，也标志着四川全省解放，而四川面积大，人口多，起义投诚部队多，上级把四川一分为四，分为川东、川西、川南、川北。同时成立四个行政公署，四个军区。

川东军区是由二野第3兵团机关组成；川南军区由第10军机关组成；川西军区由第18兵团机关组成；川北军区由61军兼任。

尽管四川解放，可面临的工作很多，起义投诚部队100万需要改造，而且匪特需要肃清。川北军区管辖4个军分区，35个县。流窜在川北的土匪多达8万余人。因此剿匪是首要，而且压倒性的任务。因为匪特不剿，政权就不巩固，其他工作无法顺利进行。

四川长期被军阀割据统治，随着大军压境，地方军阀纷纷起义，弃暗投明，也有少数军阀势力残余结帮拉股，进山为匪，继续与我为敌，加上一些袍哥组织等势力，甚至一些起义投诚者降而又叛，形成了政治土匪。

匪特搞破坏很猖獗，川北行署办公大楼被特务分子放火焚烧，而且还攻击下乡征粮工作队，建政队。对于土匪的暴行，贺老总下令：一切工作服务于剿匪。西南各军区开始下达剿匪任务。

如何快速剿匪，进行调查研究后，认为必须明确任务区，也就是包干剿匪，但不能赶羊式剿匪，例如把土匪赶到其他片区，如果出现不仅不记功，还要受到批评。

西南军区首长决定在四川境内4个军区，与云、贵、陕、康5省毗邻区，建立10个联防剿匪指挥部。上级要求各省直至县、区成立剿匪委员会，以地方党委书记为主任，军队手中为副主任，可以吸收一些党外可与合作的人士参加，剿匪委员会实行一元化领导，负责该地区之一切剿匪指挥、政策领导和各方协调、发动群众工作。

作为川北军区副政委的郭林祥虽然是政工出身，可考虑到剿匪工作的重要程度，被任命为第三联防指挥部司令，指挥4个团，确保川北到重庆的水路交通安全。

他并非军事干部，可在剿匪上是利用自己的擅长，比如剿匪不能孤立剿匪，需要发动群众，只有发动群众，才能知道土匪的藏身之处，能更好精确消灭敌人。因此造声势、造舆论，宣传政策，让老百姓和土匪知道联防指挥部成立，可以给老百姓壮胆，也可以给土匪心理上震慑。

他这样的做法，区别于其他人。其他地方剿匪更多是以军事为主，他是政治为主，军事为辅。区分土匪干坏事的严重程度，首恶必办，胁从不问，立功受奖的政策，受到很好的效果，老百姓给解放军带路、送情报，一些罪恶小的土匪投降，甚至一些重要匪首投降。

有强大的军事支撑，政治攻势发挥的作用很大，不到1个月缴械投降或者登记悔过的匪众多达3000多人，受到西南军区表扬。同时对冥顽不灵，十恶不赦的十多个匪首进行处决。

他善用政治攻势，在剿匪上效果出其不意，此后黑水剿匪，西南军区首长再次让他挂帅，要人给人，要物给物。而且黑水剿匪复杂，牵扯到民族团结问题，只能是政治为主，军事为辅。他在这方面有经验，而且顺利完成任务。

1954年，在西南军区工作多年的郭林祥得到升迁，外调的机会，可以去昆明的14军当政委，也可以去在朝鲜的16军当政委，还可以留在四川军区工作。对于朝鲜前线，他是非常渴望去一次的。那里虽然战争已经结束，可担负防御任务，自己过去在西南剿匪，没有像其他干部轮番到前线去。如今能得到一个机会，求之不得了。

可他准备去16军时，被贺炳炎给挽留，让他留在四川继续工作，而且对他的挽留不止一次。这使得郭林祥也不好拒绝。贺老总说：贺炳炎打仗不要命，工作上的事你多管管。

1955年，成都军区成立，身为副军级少将的他担任大军区副政委，1959年就升为大军区政委，那时候别说同级少将担任大军区正职少，就是不少中将、甚至很多上级还在担任副职。之所以提拔起来，也是能力突出的结果。

自1959年被提拔为大军区正职，后调任总后勤部政委、新疆军区政委、南京军区政委、总政部副主任等职，成为少将中的佼佼者。